自2006年自然养猪法在我省推广以来，取得了良好的经济和社会效益。不过，记者调查发现，部分采用发酵床养猪的养殖户，认为发酵床省事、好用，便放松了管理，影响了猪的健康生长，降低了经济效益。其实，发酵床养猪并不是“懒汉”养猪，更需要精细化管理。
第一，选择质量好的菌种。目前市场上主要存在三种发酵床菌种，包括芽孢杆菌、土著菌、EM或其他菌种等。芽孢杆菌的属性明确，质量较为安全，可以推广使用；土著菌由于是微生物培养，主要存在菌种属性不明确、菌种未经纯化、培养质量因区域和技术而有差异等问题，对于中小型规模猪场并不适合推广；EM添加于饲料中或腐熟堆肥，可改善猪粪污的臭味，EM用于发酵床制作，效果可能不如前两者。菌种质量的差异，对于发酵床制作及后续的管理至关重要，所以一定要选择正规厂家生产的信得过的菌种。此外，发酵床菌种在有氧情况下可大量繁殖，因此发酵床需保持一定的空隙密度；该菌还需要提供一定的水分和碳氮等营养物质，发酵床制作时应控制水分含量，并提供营养源。
第二，根据发酵床发酵状态确定垫料翻挖时间。由于发酵床饲养是利用特殊菌种进行的有氧发酵持续过程，垫料中的芽孢杆菌需要不断翻挖垫料，以提供氧气。发酵床垫料翻挖时间过长，底层缺氧，其他微生物厌氧发酵，垫料腐烂，pH值降低，微生物分解粪污能力降低，猪舍臭味浓度增加。发酵床发酵状况，可从垫料温度、相对湿度、pH、臭味轻重，猪行为等方面进行判断。垫料翻挖间隔时间长短，可根据发酵床发酵状态确定，具体时间并无统一规定，一般小猪发酵床垫料翻挖间隔时间长，育肥猪间隔时间短。发酵床饲养密度大，翻挖次数多；饲养密度降低，则翻挖时间相对延长。
第三，合理设置饲养密度。生产实践表明，断奶仔猪发酵床垫料厚度为55～65厘米，饲养密度为0.3～0.5平方米/头；30～60千克体重的猪只平均0.6平方米，60～100千克体重猪只平均1.2平方米，成年母猪1.5平方米。
第四，注重消毒防疫。
发酵床养猪的患病率降低，并不意味着发酵床养猪不得病。因此，应强化消毒防疫观念，尤其对于发酵床养殖和传统养殖模式混养的猪场而言，更不要疏于管理。发酵床菌种不同，消毒用药种类不同。在疾病流行季节，更需要做好疾病的预防工作。发酵床养殖时，常见疾病有寄生虫病、呼吸道病、抗酸菌症等，应及时发现，对症治疗。