甜瓜变臭的主要原因是缺钙。缺钙会导致甜瓜未成熟就变成“糖心瓜”，瓜内腐生性细菌寄生，出现甜瓜变臭的现象。缺钙诱因很多，如不良气候条件、氮肥施用过多、连续低温以及长期施用复合肥，土壤严重盐渍化等。
防治措施增施有机肥或生物菌肥，减少氮肥用量，降低土壤盐渍化程度;底肥中加入适量过磷酸钙，提高土壤中钙的含量;在膨瓜期喷施螯合态的钙肥。
针对冬春季节温度低、连阴天较多的气候特点，建议瓜农在以后的棚室甜瓜种植过程中，在棚室内要增加二层膜、三层膜、悬挂植物生长灯等;底肥增加生物菌肥或有机肥的用量，减少化肥的用量。新建棚室，应注意棚间距离不宜过近，棚室的高度不宜过低，以免影响棚内采光和地温的提高。