精心包装甜樱桃在运输时首先要特别注意的是包装。包装时要进行严格的挑选和分级，剔除病烂果和机械伤果，按照大小、颜色等分级后，将甜樱桃装在有软衬的容器内或者塑料周转箱内，箱体具较好的抗外界压力。
甜樱桃果实极易变软，不耐挤压，包装箱不可过大、过深。果实的包装形式分为采摘包装、运输包装、销售包装，箱内要衬软垫，如包装纸、聚苯乙烯泡沫等。运输包装可选用装量为5～10千克的纸箱或聚苯乙烯泡沫箱，箱子高度一般以不超过12厘米为宜。销售包装可根据市场要求设计，宜选用纸盒、塑料盒、塑料托盘或塑料袋等，装量为0.25～2.5千克。作为贮藏保鲜用的果实更重要的是按成熟度分级，过熟果不能作为贮藏用果。甜樱桃采后应及时入冷库预冷，尽快将温度降至0℃～2℃，外运的果实最好当天采摘，当天分级包装，当天装冷藏库或冷藏气调车发运，用普通汽车运输的甜樱桃，应将果实预冷至2℃左右时再装车运输。
科学运输甜樱桃果实在采摘后一定要采取无伤运输及保鲜运输。
无伤运输就是果品在运输的过程中不受到任何损伤。甜樱桃适宜的运输温度为0℃～2℃，最高不要超过5℃。运输期限建议不超过3天。短途运输，大部分运输工具都是小型机械车，分级、包装要做到和上述一样，应该特别注意防止日晒雨淋和捂热，要求通风散热。距离较远时，建议采用空运或者冷藏气调车、移动式多功能自动冷库运输车。在运输时，宜选择平坦道路，尽量减少颠簸，以免使甜樱桃受到挤压和碰撞造成烂果。
保鲜运输首先是在产地将预冷处理后的果实直接运往销售地点，其次是经过一段时间保鲜后再运往销售地点，再从销售地周转保鲜库运往销售市场。