大棚樱桃生长环境相对封闭，通风透光条件差，容易感染花腐病、灰霉病、褐斑穿孔病等病害；另外，介壳虫、食现虫、叶螨等虫害也经常发生，特别是食心类害虫，如不提前预防会造成很大损失。
首先，防治大棚樱桃病虫害要加强温、湿度调控，防止空气湿度过高，经常通风换气，改善生存环境，防止病菌滋生。
其次，在大樱桃生长的不同物候期，杀菌剂与杀虫剂科学混配防治，具体做法是：萌芽期彻底清园，打好基础，在芽露红头时用戊唑醇+代森锰锌+哒螨灵+杀扑磷矿物油按药品说明推荐剂量兑水混配，全园喷雾，务必均匀细致，不留死角。
芽露青时，用复配型杀菌剂（如爱苗或百泰或世高）+杀卵能力强的杀虫剂（如灭多威），预防褐斑穿孔病和食心虫，还可添加补硼的叶面肥，壮蕾孕花。
棚内有少量开花时，喷一遍腐酶剂，预防灰霉病，添加壳聚糖或海藻酸等优质叶面肥，提高坐果率。谢花后，喷腐霉利+百泰+劲彪（高效氯氟氰菊酯），添加壳聚糖或海藻酸等优质叶面肥，提高坐果率。幼果期，再喷泰+壳聚糖或海藻酸优质叶面肥，减轻生理落果。
采果后，补喷一次保护性杀菌剂，如甲托或大生防止落叶，添加高磷的叶面肥，促进花芽分化。每次喷药时，都要选择在晴天的上午10时以前或下午3至5时，以防发生药害。