一、要做好嫁接工作，嫁接是防治一些顽固病害的高效方法。在西瓜种植及嫁接砧木的选择上要选择亲和力强的品种，另外在嫁接时要注意、控制棚内湿度、经常通风通光，温度要掌握好，温度低时要用火炉增温或者其它方式。嫁接时，嫁接人员要注意个人卫生以免造成嫁接苗伤口感染，甚至不愈合，从而影响西瓜苗成活率。砧木选择一般要选择实心、绿秆的南瓜砧木，西瓜种子要选择与砧木配套的品种，有了这些才能确保嫁接苗又好又壮。
二、防好西瓜幼苗猝倒病。这种病发生在幼苗期，尤以三叶期以前最易发生，气温低、土壤湿度大时候发病严重。发病初期在幼苗近地点处呈黄色小渍状，后成黄褐色而干枯收缩，病害发展很快，子叶尚未凋萎，幼苗即刻猝倒，湿度大时，在病部及其周围的土面上可出一层白色絮状菌丝体，为真菌，这种菌可在土壤中越冬，土壤1016℃时易发病。防治方法：可用50%多菌灵进行拌土或者制成苗床土。
三、控制住西瓜疫病：此病发生在幼苗期时较多，出生暗绿色水浸状圆形的不整齐的病斑，并迅速扩展。湿度大时腐烂，于后为淡褐色，易破碎，幼苗茎叶、基部染病水浸状，出现暗绿色凹陷斑，包围茎部且腐烂，茎部以下全部枯死。此病病院为真菌。应选用抗病品种，种子种植前应进行消毒，用杀毒矾或者乙磷铝进行喷雾消毒。
四、严防西瓜沤根病：该病也易在幼苗期发生，幼苗生长缓慢，叶片萎缩、萎蔫，根部最初成黄锈色，并迟迟不发新根，变黏腐烂，至幼苗上部萎蔫死亡。这种病主要是土壤湿度过大，土壤温度低造成。在土壤低温高湿的条件下，根发育受阻，根部的再生能力、吸收功能、呼吸作用受到严重抑制，根毛大批死亡，而使地上部分萎蔫。育苗时候尽量用育苗碗或者营养钵育苗，主要湿度，水不要较大。