在棚室嫁接西瓜育苗及生长过程中，有时会发生秧苗凋萎的现象。现把预防凋萎的措施介绍如下：科学选用砧木在常用的西瓜砧木中，抗枯萎病又不易发生急性凋萎症状的砧木以南瓜类砧木为佳，葫芦类砧木、西瓜粪砧次之。嫁接时一定要选择优良的抗病砧木品种，如青砧一号、全能铁甲F1、抗病超丰等。药剂防治采用药剂防治枯萎病也是一种有效预防凋萎的方法。用70%甲基托布津400倍液浸泡种子30分钟，然后用清水冲洗干净。也可于发病初期在病株根部用40%瓜枯宁1000倍液浇根，每株灌250克，每隔7～10天灌1次，共灌3次。
采用插接法，定植深度要适宜在西瓜嫁接过程中，最好采用插接法，它能比靠接法更加抗凋萎。定植时嫁接伤口应距地面1～2厘米，以免接穗发生不定根形成自根苗，失去嫁接意义。
加强田间管理要注意排水和供水均匀，避免坐果过多，整枝时要确保坐果的叶数，保持适度的茎叶繁茂，使水分蒸发减少一些，维持较强的根系活力。生长后期土温较高，可在地面覆草，同时控制氮肥的使用。在果实膨大期，叶面喷施1%的硫酸镁溶液，可防止急性凋萎症的发生。