日光温室大棚栽培西瓜，应该施足基肥，以防后期脱肥影响产量。基肥以腐熟优质有机肥为主，如厩肥、鸡粪、堆肥、饼肥、油渣等。并配施氮、磷、钾化肥。
大棚西瓜早熟栽培应在定植前10—15天扣棚，以提高地温。冬闲地应在秋季深翻20—35厘米，耙2—3遍，然后挖定植沟（也称丰产沟），即在西瓜栽培行挖一条深沟，填入熟土和基肥以备作畦定植。沟内集中施入基肥，并用高锰酸钾，多菌灵等对土壤、立柱、棚体消毒，用辛硫磷杀虫剂进行土壤杀虫。土壤肥力低的棚室，每亩施优质腐熟有机肥（以鸡粪较好）4000—5000公斤；中等肥力以上的棚室，每亩施腐熟优质有机肥2000—4000公斤，并加饼肥100公斤。同时，每亩施过磷酸钙40—60公斤，硫酸钾15—25公斤，或氮、磷、钾复合肥30—40公斤。还可配硫酸锌和硼砂，每亩用量1.5公斤，将肥料和回填土混匀后回填到丰产沟内。因沟内基肥用量大，若混合不均匀，易伤根烧苗。