种子消毒用50℃温水浸种10～15分钟可杀死菌核。
覆膜抑菌定植前畦面全部覆盖地膜，可以抑制子囊盘出土释放子囊孢子，减少菌源。
喷药防病发病初期用50%腐霉利可湿性粉剂1000～1500倍液，或40%多菌灵胶悬剂500倍液、嘧霉胺悬浮剂600～800倍液喷雾防治，每隔5～7天1次，连续防治3～4次。喷药要避开中午高温时段，以免产生药害。
烟剂熏烟遇连续阴雨天气，及时将病株上的烂花、烂瓜、烂叶、烂蔓清出棚外深埋，同时每亩用10%腐霉利烟剂或45%百菌清烟剂250～300克熏烟防治。在傍晚关闭棚室后均匀布点5～6个，由内向外依次点燃烟剂，次日充分通风换气后人才能进棚。根据病情每5～7天熏1次，连熏2～3次。烟剂只能在棚室、中棚和温室中使用，不能直接在小拱棚西瓜上使用，以免产生药害。