萼心间组织的状态
病菌侵染柱头后，能否进入心室，主要决定于萼心间组织的状态，萼心间组织疏松有孔洞，维管束组织枯死的果实，病菌可进入心室导致发病；相反则病菌不能进入心室，不能引起发病。
花期湿度
花期及花前阴雨潮湿容易发病。
开花不同时期
由于苹果霉心病是多种真菌复合侵染所致，所以初侵染很难确定，而且病原菌的侵染时间也不确定，花期和花后都可以进入心室内引起霉心病的发生。据研究，霉心病病菌中的链格孢属、枝孢属、青霉属、附球菌属和茎点霉属等在花芽期已经侵染花；粉红聚端孢在谢花后开始侵染果实，其不能侵染活的花组织，但可以利用残留花组织腐生生活，通过萼孔进入心室。
病菌侵染期很长，从花期至果实采收前不断侵染。花期侵染占全年总侵染率的34.7%。从花期至5月底前的幼果期侵染数量占全年总侵染率的80.5%，是重点侵染时期。
不同品种
苹果的品种不同霉心病的病果率也不同。对于闭合式萼筒的品种如秦冠，霉心病发生的机率比那些萼筒开放式及半开放式品种，如元帅、红星、北斗和富士都要低，另外萼筒的长度、果实的大小、形状不同也会影响霉心病的发生，果实越大萼筒则越长霉心病果实也就越多，畸形果的个大时发病重。
环境及地理位置
环境温度，降雨，相对湿度，地理位置等不同条件会影响苹果霉心病的发生，降雨时间早、量大，空气湿度大，果园地势低、郁闭度大，通风不好等条件均利于霉心病的发生。如果晚春有霜降则会使霉心病的发病率上升，而且也会使苹果种子发育不正常。山地果园早晚温差大，易形成露滴，如果和营养丰富的花器和花粉渗出物结合，就会加快孢子萌发的速度，而且能让老孢子的萌发能力恢复，使病原菌的侵染率和严重度增强。对于一些干气孢子类型，山地干燥的环境为其孢子的传播提供了便利。