苹果套袋以来，各地不同程度地出现果面发生黑点病的问题，发病果率一般20～30%，重的达50～60%，大大影响了果实质量，致商品果等级降低，造成经济损失，成为困惑套袋栽培的一个突出问题。
造成果面出现黑点的原因很多，诸如，药害，康氏粉蚧、蚜虫、绿盲蝽为害引起黑点，缺钙、缺硼等引起黑点，另外一个就是由真菌感染引起的黑点病。
苹果谢花后，由于花芽质量不高或树体养分不足，花瓣、花萼、花丝等器官不能自行脱落，残留在幼果顶端。喷药杀菌时，因这些残留花器官的存在，造成杀菌难以彻底。要想花器官顺利脱落，前一年的花芽分化和树体养分贮藏十分重要。
套袋时，连同残存的花器官一起套入塑膜袋。塑膜袋内高温高湿，未杀灭的病菌以残留花器为基质迅速繁殖，从而产生腐生菌。腐生菌在袋内持续为害，破坏了果实的发育环境。因此，在套袋时随手抹去残存的花器官，能有效降低黑点病的发生率。
套纸袋时，手法不规范，未将塑膜袋捋直，而是将塑膜袋团在纸袋内，致使底部的透气孔起不到疏水和透气的作用，黑点病危害尤为严重。凡是摘除纸袋后，塑膜袋紧紧裹在果实表面的，黑点多而密。因此，套纸袋时，务必先将塑膜袋捋直套进纸袋内，才能降低黑点病发生程度。