目前苹果生产中存在的主要问题有：
1.单产低。全国苹果单产870多公斤，相当于世界先进国家的1／3―1／5。增产空间很大。
2.果实品质整体较差。表现为果小，果形不正、着色差、过面不光洁、含糖量低、农药残留量高等。
3.栽培制度落后，果园管理粗放。矮化密植是果园的现代化栽培体系，我国还在沿用管理复杂、投入产出比低，集约化机械化程度低的乔砧密植制度。果园的肥水管理、花果管理、整形修剪等方面，投入不足，重视不够，管理粗放。影响了产量、品质和效益的提高。
4.品种结构不合理，缺乏自主品种。表现在早熟品种少，中晚熟品种比重大，鲜食多，缺少专用加工品种。
5.产业进程慢。主要表现在生产者素质及技术水平有待提高，技术普及率低，果实采后商品化处理及贮藏、加工环节薄弱，缺乏产业龙头，产业链条脆弱。