苹果树落叶后到翌年萌芽前是冬季修剪时期，如果剪锯口保护不利会导致伤口愈合能力差，腐烂病侵染严重，对树体造成伤害。因此，在修剪时应注意剪锯口的保护。
修剪时首先应注意全树较大的剪锯口的数量与位置，尤其是树干上不要存在过多的较大的伤口，否则会对树势造成影响。其次，剪锯口要平滑，不能留有毛边，特别是较大的锯口要用快刀修平，以利于愈合。
伤口的保护方法主要有三种：
一是涂抹伤口愈合剂，边剪边涂抹封闭伤口，既可防止水分散失，又可避免腐烂病菌侵染，促进愈合。二是伤口包粘土保护，将较大的伤口用胶体状的软泥糊严，然后再用塑料薄膜包好，防止病虫害侵入，减少伤口水分散失，利于愈合。三是对于主干或大枝上的伤口也可于明年春季进行桥接，使上下连接，促进愈合。