西葫芦软腐病主要危害西葫芦的根茎部及果实（瓜条）。在结瓜期茎蔓及叶柄基部先呈水渍状，特别是在自然裂口或伤口处根茎部，逐渐变软，病部凹陷，内部组织腐烂，形成灰褐色粘稠状物，具有恶臭味，患部水分蒸发，组织干缩。该病菌在土壤中越冬。一般保护地西葫芦软腐病，主要由白菜软腐病引起的，病菌借雨水、灌溉水及昆虫传播，只能由伤口侵入，病菌侵入后分泌果胶酶溶解中胶层，导致细胞分崩离析，致细胞内水分外溢，引起腐烂。高温、高湿，阴雨天或露水未干整枝打杈、农田操作损伤叶片及虫伤，多引起病菌侵染，导致西葫芦软腐病的发生。
防治方法如下：
选用抗病品种不同地区应根据当地保护地西葫芦发病特点，选择种植适当的抗病品种。
农业措施防治：
1、避免与白菜类蔬菜连茬，前茬选择最好是葱蒜类或茄果类蔬菜。
2、整地前必须用生石灰或高锰酸钾进行土壤消毒，生石灰667平方米用量为50-100千克，高锰酸钾用量为2-2.5千克。
3、嫁接育苗。采用黑籽南瓜作砧木进行嫁接栽培，促使植株根系强大，耐低温能力提高，抗病性增强。
4、采用高垄覆盖地膜栽培。
5、合理施用氮肥，增施磷钾肥。
6、注意灌水，有条件的采取膜下滴灌，避免大水漫灌，雨后及时排水，避免田间积水；
7、加强其它病虫害的防治，整个生育期主要做好白粉虱、蚜虫危害的防治。
8、农事操作要仔细，避免机械损伤，可适当加大行距，缩小株距，这样有利于田间操作。
9、发现病瓜及时摘除深埋，病瓜上面撒施生石灰消毒。药剂防治：
西葫芦定植时、整枝打杈前用药剂预防；在软腐病发病初期开始，选用72%农用链霉素等喷洒，每隔7天交替喷雾一次，连续防治2—3次。