防治青花菜黑斑病，最好选无病区留种，或在无病种株上留种，防止种子带菌。播种前用55℃温汤浸种消毒20分钟，立即移入冷水中冷却，晾干后播种。也可用种子重量0.4％的50％异菌脲可湿性粉剂，或50％福美双可湿性粉剂、50％代森锰锌可湿性粉剂等拌种，以消灭种子携带的病菌。
青花菜生长期间，要以预防为主，及时用药。在发病前或发病初期，可选用50％异菌脲可湿性粉剂1000-1500倍液，或58％甲霜灵·锰锌可湿性粉剂500倍液、50％乙烯菌核利可湿性粉剂1500倍液、43％戊唑醇胶悬剂5000倍液、70％代森锰锌可湿性粉剂500倍液、75％百菌清可湿性粉剂600倍液、50％腐霉利可湿性粉剂2000倍液、40％灭菌丹可湿性粉剂400倍液、2％嘧啶核苷类抗菌素水剂100毫克／升等喷雾防治，7天一次，连喷2-3次。因跳甲类害虫能促使此病蔓延，所以喷药时应适当加入杀虫剂。
保护地栽培，可每亩喷5％百菌清粉尘剂1千克，每7-10天一次，连喷2-3次，也可用45％百菌清烟剂或15％腐霉利烟剂200-250克，闭棚熏烟6-8小时，每7-10天熏一次，连熏2-3次。