苦瓜上的根结线虫大面积发生，导致植株生长缓慢、弱小、严重萎蔫。防治根结线虫，见效最快的方法是冲施化学药剂，然而化学药剂的剂型很多，选用不当，对根系的损伤较大。
已经感染根结线虫的棚室，不要直接冲施乳油制剂的噻唑膦，可以使用水分散、微乳或者微囊悬浮剂进行冲施，这样对苦瓜的根系影响最小。建议化学药剂复配养根类产品一块冲施，也可以复配具有修复受损细胞功能的甲壳素类或氨基寡糖素产品。这样既能达到抑制和杀灭根结线虫的目的，还能促生新根，确保植株养分供应。
当苦瓜受根结线虫为害后，根系受到一定影响，吸收水肥能力下降，植株易出现萎蔫的情况。建议菜农通过叶片喷肥的方式弥补根系吸收营养的不足，可选择氨基酸或海藻精配合全营养叶面肥使用。同时，适当减少留瓜数量，减轻植株负担，等根系形成较为强大的根群后再增加留瓜数量。