大蒜基肥要以有机肥为主。有机肥通常指圈肥、鸡粪、鸭粪、厩肥、堆肥、饼肥等。基肥的施用量是否充足，直接关系到大蒜蒜头的商品性和植株的越冬性能，因此在生产上要给大蒜施足基肥。
大蒜基肥的施用方法，一般是将有机肥的一半在耕地前施入，均匀地撒施在土壤表面，结合耕地，将肥料翻入地下；另一半在播种时，集中进行沟施，并使肥、土壤相混，然后播种。如以碳酸氢铵或有机肥作基肥时，要开沟埋施，或随水浇施，施用后结合整地使肥与土壤混合均匀。磷肥的施用最好是浅施、集中施或分层施。可在耕地前施用一部分，另一部分在耕后栽蒜时施用，或在整地后浅施在地下6厘米~10厘米处，以利幼苗吸收利用，培育壮苗，提高磷肥当季利用率。钾肥可在耕地时，随耕地随撒施，翻入地下即可。