泥土埋藏分露地埋藏和室内埋藏两种。露地埋藏应挑选耐贮品种，剔除有伤、断节漏气和细瘦的藕，在地势较高、背阴避光的地方，将泥、藕相间地层层堆成斜坡或宝塔形。再在上面用细泥覆盖。藕堆四周挖好排水沟，防止积水，如遇雨天，应及时遮盖，以免泥土冲散，莲藕淋雨，造成腐烂。
室内埋藏可在室内挖浅坑，也可先用砖或木板等围成埋藏坑，然后一层莲藕一层泥堆5～6层后，再用稻草或泥覆盖。贮藏用泥的湿度应细软带潮，手捏不成团，并除去石块等杂质，以防根茎损伤和微生物的侵入。莲藕要按顺序一排排放齐，避免折断，并有利于倒动检查。在有水泥地坪的库房内埋藏时，坑底需先用木板或竹架垫起10厘米，形成隔底。底部用药物消毒，以防霉菌孳生。然后在底层铺约10厘米的细泥土，再按上法层层堆积和覆盖。贮藏室可每隔两周消毒一次。
泥土埋藏莲藕时，要定期翻检，一般每月进行一次。翻检时要轻挖轻放，以防折断。