莲藕在生长发育过程中所需要的营养物质，一方面来自莲叶的光合作用；另一方面来自于土壤，而土壤中原有的肥料有限(包括基肥)，随着植株的生长发育会愈来愈少，尽管鱼的粪便和残饵可为藕提供一定量的养分，但与藕的生长需求相比是很少的，因此必须及时追肥。
莲藕生育期长，一般追肥2-3次。第一次在立叶开始出现时进行，中耕除草后，每667平方米施入人粪尿肥750-1000千克。第二次追肥在立叶已有5-6片时进行，每667平方米施入人粪尿肥1000千克左右。第三次追肥在终止叶出现时进行，这时结藕开始，称为追藕肥。每667平方米施人粪尿肥1500千克，饼肥30-50千克。
施肥应选择晴朗无风天气，避免在烈日的中午进行。每次施肥前放掉田水，以便肥料吸入水中，然后再灌水至原来的深度。在深水藕田中，肥料易流失，不能直接施用液体肥料，应采取固施肥料方法。即重施厩肥，并埋入泥中。追肥用化肥时，首先将化肥与河泥充分混合，做成肥泥团，再施入藕田。