施足基肥基肥能供给莲藕整个生长期所需的养分，并具有改良土壤、培肥地力的作用。藕田基肥用量应根据土壤而定，栽植莲藕大多选择土质疏松肥沃、有机质丰富、排灌方便的田块，结合整地一般每亩施入腐熟的农家肥2500-3000公斤、通用型复合肥60-80公斤，并施入钙、硼、锌等肥料，然后深耕20-30厘米，耕细耙平，放入3-5厘米浅水待用。
合理追肥莲藕整个生长期需施追肥2-3次，第一次在植株有1-2片立叶时（定植后25-30天）施入，每亩施尿素15公斤或腐熟农家肥1500-2000公斤、硫酸钾7.5-10公斤；第二次在有5-6片立叶（定植后40-50天）时，亩施高氮钾复合肥20-25公斤；第三次在终止叶出现时施入，此时开始结藕，每亩施高钾型复合肥15-20公斤，或施入人畜粪肥2000公斤左右。应选择晴朗无风的天气，在清晨或傍晚进行施肥，每次施肥前放浅水，让肥料溶入水中，施肥后2天再灌水至原来的高度，追肥后泼浇清水冲洗荷叶。对深水藕田，最好做成肥泥团追施，以防止肥料漂浮。施肥时注意不要踩伤莲鞭，以免影响结藕。