香椿芽苗菜栽培周期短、投资低、收效快、市场前景广阔，但在香椿芽栽培中，如果选种或管理不当，很容易出现烂根、倒苗现象，必须加以注意。
一、烂根、倒苗的主要原因
1.种子问题。香椿种子质量差或自身带菌，容易出现烂根倒苗现象。隔年种子在长期低温储存中，自身营养元素中的钾、镁、锌会严重的流失，影响幼苗的活力，容易出现烂根。
2.育苗盘或育苗场房受病菌污染。育苗盘或育苗场房受病菌污染，播种后容易浸染香椿芽苗而出现烂根、倒苗。
3.温湿度调控不当。在芽苗菜栽培过程中，如果温度控制不当，温度过高或过低，会影响香椿芽正常生长，而出现烂根、倒苗问题。如果湿度太小种皮不易脱落，湿度太大容易出现烂根烂苗现象。
二、预防措施
1.育苗场地消毒。育苗场地每月用84消毒液、高锰酸钾溶液消毒一次。先将门窗密闭，将消毒液喷洒地面或墙壁，经过2个小时后，打开门窗通风即可。
2.育苗盘消毒。每用过一次的育苗盘都要先清洗，再用0.1%的高锰酸钾浸泡20分钟，再用清水冲洗、晾晒即可。
3.科学用种。要选择当年无霉变、无虫蛀、颗粒饱满、大小均匀、发芽率在95%以上的新鲜种子。种子用手搓去翅膜，清除杂质，用1%的甲醛溶液浸泡20分钟，以杀菌消毒，然后清洗干净以备催芽。
4.合理调控温湿度。香椿芽生长适宜温度在20℃～30℃，最高温度不能超过35℃，最低温度不能低于15℃。播种后根据天气情况，每天喷水2～3次，每次喷水量不宜过大，盘内不积水，且不要淹没种芽，以防烂根倒苗。