棚室培养的韭菜以秋季倒伏最为严重。韭菜倒伏多为生长过旺，造成假茎细长瘦弱，或叶片肥大、头重脚轻所致。应及时使用蔬菜壮茎灵，可使杆茎粗壮、叶片肥厚、叶色鲜嫩、植株茂盛。同时可提升抗灾害能力，减少农药化肥用量，降低残毒。如果扣棚，就不要割掉韭菜叶子，防止割叶造成韭菜体内积累的养分减少，影响扣棚后的产量。
发生黄化的韭菜，多不能收割，可逐垄用手捋下一部分韭菜叶，也可用木棍将韭菜统一挑向一侧，晾晒一侧垄沟和韭菜根部，使之充分见光和透光。隔4-5天，再将韭菜翻向另一侧，也使之充分见光和通风，如此交替进行，则可避免韭菜出现黄化和腐烂现象。也可搭架用绳子加以扶持。