近几年来，棚室韭菜疫病有蔓延趋势，对冬茬韭菜造成很大威胁，应及时防治。发病初期，叶尖出现一些针尖大小的黄点，随着病情的发展，病斑连成片，严重时叶子枯黄干死，其主要防治措施有以下几方面。1、小水浇灌。因韭菜疫病靠水流传播，如大水漫灌，很容易造成温室内湿度增大，使疫病流行蔓延，因此要小水浇灌。此外，在施肥时注意追施磷钾肥，氮肥过多时会造成疫病的发生和扩展。
2、及时通风。浇水后要注意通风，以降低温室内的湿度。通风选在晴天无风的中午进行，一般通风时间不宜过长，1-2小时为宜，棚室面积过大时，可采取多处通风的方法，但通风口不宜过大，过大易引起韭菜发蔫。
3、清除枯叶。残留在土壤中的枯叶，是韭菜疫病发生的根源，应及时拾净，并通风减少室内菌源。
4、药物防治。可选用50%多菌灵可湿性粉剂500-800倍液或40%乙磷铝可湿性粉剂400-600倍液喷雾防治，每隔7—10天喷1次，连喷3次。