近年来韭菜细菌性软腐病发生程度逐渐加重，已成为危害韭菜的主要病害之一。由于受害根系失水变黑，寿光当地菜农又称其为“黑根病”。
细菌性软腐病主要危害韭菜的叶片、叶鞘、根等部位。叶片受害后失绿变黄，湿度大时产生水浸状腐烂，最后病叶倒伏，有恶臭味的黏液溢出；叶鞘受害后从基部开始产生水浸状腐烂，逐渐向叶鞘深处发展，到叶鞘深处时植株倒伏，湿度大时有恶臭味的黏液溢出，湿度低时在病株周围泛出白色菌块；根部受害后呈黑褐色腐烂。
该病属细菌性病害，细菌主要在土壤中的病残体中越冬，第二年条件适宜时从地下害虫造成的伤口侵入植株体内，进而繁殖危害整株。每年有2个发病高峰，分别在4月下旬至5月上旬和10月上旬，与韭蛆发生高峰期相吻合，而且韭蛆危害越重，韭菜细菌性软腐病发生越严重，说明该病的发生与韭蛆发生相关。
对韭菜细菌性软腐病，应坚持“预防为主、综合防治”的原则。由于细菌多从伤口侵入，及早防治韭蛆减少伤口，可以做到治虫防病。可在4月下旬和10月上旬分别用1.8%阿维菌素乳油或40％辛硫磷乳油1000倍液，加47%春雷·王铜可湿性粉剂或46.1％氢氧化铜水分散粒剂600～800倍液顺垄灌根，同时用10%灭蝇胺悬浮剂1000～1500倍液加3%中生菌素可湿性粉剂400～500倍液或72％农用硫酸链霉素可湿性粉剂1000倍液喷雾。冬季韭菜收割后用0.3％四霉素水剂600倍液喷雾，不仅具有杀菌作用，还可以促进伤口愈合。