棚室芹菜的苗期管理重点在于肥水运筹。芹菜缺氮不但使植株生长受阻，叶片细小，而且叶柄易发生空心；前期缺磷、后期缺钾对芹菜产量和品质影响较大；芹菜对硼肥的反应非常敏感，缺硼时会出现茎秆开裂。因此，棚室栽培芹菜，从苗期就要加强管理，科学施肥浇水，以提高芹菜的产量和品质。
苗期小水勤浇
当芹菜芽顶土时，轻浇1次水，1~2天苗可出齐。以后保持土壤湿润，少量勤浇。浇水量过大，幼苗容易出现徒长或发生烂秧现象。苗高近10厘米时，可随水追肥1~2次。
缓苗后进行蹲苗
定植后缓苗期要勤浇、轻浇，保持土壤湿润。缓苗后，植株开始生长，应控制浇水量并进行中耕，促使根部下扎，心叶分化加速。如果水分过大，外叶易徒长，易发生病害。
生长期加大施肥量
蹲苗结束后，植株开始加速生长，应立即追施速效氮肥，以后分期追施1~2次钾肥。一般每隔3~4天浇1次水，灌水量可少些，以免地温过低。