适当多施氮肥芹菜在整个生育期需要大量氮素肥料，追肥要以碳酸氢铵为主，做到少量多次，一般需追肥2～3次。但要注意的是，芹菜不宜追施尿素，因为芹菜追施尿素后，生长反而变缓，纤维素增多，植株容易老化、品质降低，食用时带有苦味，故芹菜在整个生长期间不宜追施尿素。
追施有机肥追施经过沤制、充分腐熟的有机肥可提高芹菜品质。注意没有腐熟的有机肥不可作追肥施用，以免引起烧蔸烂根。施用有机肥后，植株茎秆柔嫩粗壮、纤维减少，品质和产量大大提高。
补施微肥缺钙会引起芹菜“烧心”，缺硼则会引起芹菜空心、叶柄开裂等生理病害。叶面喷施0.5％的氯化钙或硝酸钙溶液，可防止芹菜“烧心”；为防止芹菜空心、叶柄开裂，可每亩基施硼砂0.5～0.75公斤，或用0.3%～0.5%的硼砂溶液叶面喷施。