芹菜虫害主要有蚜虫、菜青虫等，可用40%乐果乳油800倍液、速灭杀丁1500倍液喷雾，及早防治。芹菜病害主要有斑枯、叶斑和软腐病等。在防治上以预防为主，科学灌水，注意排湿，在发病前或出现零星病斑时用药。重点抓住育苗期，定植到扣棚膜前期，扣棚膜到初次采收期和春季天气转暖中、后期这四个主要阶段的防病工作。所用药剂主要有75%百菌清600倍液、50%代森锰锌600倍液、77%可杀得400倍液喷雾。一般每隔7天喷洒一次，以3~4种药剂交替使用为好，避免产生抗药性。病害发生严重时配以粉尘剂、烟雾剂混合施用，一般2~3次即可控制病害的发展。同时注意通风、排湿、降温，彻底清除病株、病残叶等管理。现将主要虫害综合防治措施简要介绍如下：
蚜虫。蚜虫喜危害多种蔬菜的叶背及嫩茎，繁殖力极强，一旦发生，一般农药很难彻底根治，故应清理田园、使用防虫网、黄板诱杀及农药防治几方面齐头并进。黄板诱蚜：一般每30~50平方米一块，价格便宜，效果较好；化学防治：用25%的阿克泰水散颗粒5000倍液或10%吡虫啉可湿性粉剂1500倍液6~7天喷一次，连续2~3次。
蝼蛄：用毒饵防治。饵料（秕谷、麦麸、豆饼、棉籽饼或玉米碎粒）5公斤炒香，而后用90%敌百虫晶体30倍液0.15公斤拌匀、拌潮为度。每亩施用1.5~2公斤，傍晚撒施。
根结线虫病。芹菜的根部受害，在侧根和须根上产生大小不等的瘤状根结，植株生长不良，矮小。在土壤温度为20℃~30℃，土壤湿度为40%~70%条件下，线虫繁殖快，容易在土壤中大量积累。