芹菜冠腐病主要为害根颈及叶柄基部，以采收后贮藏期间发病较多。受害部初期呈灰褐色，扩大后逐渐变为暗绿色或黑色。病斑没有一定形状，发病早期表皮完整，扩大后引起破裂，露出皮下变色的组织，有时第二寄生菌或腐生菌从伤口侵入，可使接近地面的根冠部腐烂。腐烂部分很少向下或向上蔓延。
防治方法如下：
首先要选用无病种子或用贮藏3年的种子播种，可避免种子带病。
其次在种子播种前用48℃～49℃的温水浸种30分钟，浸种时要不断搅动，使种子受热均匀，然后捞出进行浸种催芽，这样可以杀死附着在种子上的病菌。
收获后贮藏前，在植株上喷施1∶0.5∶200的波尔多液，65%代森锰锌可湿性粉剂500倍液，70%百菌清可湿性粉剂600～700倍液。