在种植秋芹菜时，用生物菌肥作基肥，每亩150-200公斤，把生物菌肥均匀撒施在要种植秋芹菜的田地上，再犁耙翻耕，使生物菌肥与泥土充分均匀接触，整理成畦后，再移栽芹菜幼苗。这样，芹菜幼苗出根早而快，新根多，根系发达，吸收能力强，能吸收充足的水分和养分供幼苗生长，使幼苗生长快，健壮、抗病，特别是不容易感染根腐病、枯萎病和软腐病，不会出现烂根死苗和茎叶下重腐烂现象，产量和品质都明显高。
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