防治芹菜斑枯病，应采取综合措施防治。应以预防为主，苗高2-3厘米时，应适时喷施75%百菌清可湿性粉剂预防，并配合喷施新高脂膜800倍液增强药效。
1.平衡施肥。基施充分腐熟的有机肥，生长期增施磷钾肥，控制氮肥用量，并及时喷施叶面肥和微肥，增强植株抗逆能力。
2.降温排湿。白天棚温控制在15-20℃，超过20℃及时通风，夜间控制在10-15℃，缩小昼夜温差，减少结露。不能大水漫灌。
3.药剂防治。在芹菜苗高3厘米时开始喷药保护，适用药有70%代森锰锌可湿性粉剂、58%甲霜灵锰锌可湿性粉剂、杀毒矾64%霉·锰锌可湿性粉剂、75%百菌清可湿性粉剂、50%多菌灵可湿性粉剂等，每隔7-10天一次，连续防治2-3次。发病期及早施药防治，尽量避免喷雾施药，可以每亩用45%百菌清烟剂200-250克熏烟，或者每亩用5%百菌清粉剂1000克喷粉，以降低棚内湿度。