芹菜黑腐病，又称芹菜茎腐病，主要为害芹菜的茎基部，在近地面处开始发病，在发病初期，受害部位先出现淡灰褐色病斑，其后逐渐扩展变为暗绿色至黑褐色病斑，最后病斑变成黑色而腐烂，叶片下垂，植株枯萎。芹菜黑腐病属于真菌性病害，病菌通过种子、幼苗、土壤和水分传播，播种带病种子，移栽带病幼苗，连作和用带有病菌的水源灌溉，都会引起发病。水分多，湿度大，发病严重，并迅速蔓延。偏施氮肥，磷钾肥不足，加重发病。
具体防治方法：在播种时要进行种子消毒，用0.1%高锰酸钾水溶液或1000倍80%多菌灵水溶液浸泡种子8-10分钟，捞起用清水清洗干净后再催芽播种。在幼苗期、生长中期和生长后期，要各叶面喷洒一次1000倍80%多菌灵水溶液或800倍50%苯菌灵水溶液、1000倍80%甲基硫菌灵水溶液进行预防。在芹菜生长发育期间，要注意检查芹菜的茎基部，发现茎基部有淡灰褐色的病斑出现时，就要连续喷洒2-3次1000倍46.1%氢氧化铜水溶液或600倍20%噻菌铜水溶液、800倍1.8%辛菌胺乙酸盐水溶液进行防治，每10-15天喷洒一次。另外，要注意增施磷钾肥，及时排除积水，不要用被病菌污染的水源灌溉，就可以减少发病。在芹菜生长发育期间，在芹菜根部周围撒施一层干燥纯净的草木灰，以调节根部周围土壤的湿度，防止土壤过湿，抑制病菌繁殖，对减轻发病有很好的效果。