黑腐病主要危害芹菜的根茎部和叶柄基部，多在近地面处染病，有时也侵染根。染病后受害部先变灰褐色，扩展后变成暗绿色至黑褐色，初病部表皮完好无损，后破裂露出皮下染病组织变黑腐烂，尤以根冠部易腐烂，叶下垂，呈枯萎状，腐烂处很少向上或向下扩展，病部生出许多小黑点，即病原菌的分生孢子器。严重时芹菜外叶腐烂脱落。
防治方法：在种植过程中，要选用抗病品种，实行两年以上的轮作，增施有机肥、磷钾肥，防旱防涝。及时清理田间的病残体，将其烧毁或深埋。在发病的初期，用75%百菌清可湿性粉剂700-800倍液、40%甲霜铜可湿性粉剂700-800倍液、50%多菌灵可湿性粉剂800倍液、77%可杀得可湿性粉剂500倍液或50%甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液，每7-10天喷1次，连续喷2-3次。大棚内用45%百菌清烟雾剂，于傍晚关闭大棚进行熏烟，每亩每次用0.25公斤。