棚室生产的芹菜为浅根系蔬菜，吸水能力弱，对土壤水分要求严格，因此适宜有机质丰富、保水保肥能力强的黏碱土或沙壤土。缺少有机质，在易漏水肥的沙土、沙壤土栽培芹菜易产生空心现象。另外，芹菜对氮、磷、钾的需求较大，生育初期和后期对氮的需要量都很大，初期需磷较多，后期需钾较多。生育期缺氮易使细胞老化，最终导致叶柄产生空心现象。缺磷时芹菜幼苗瘦弱，叶柄干老，叶片无光泽。
据测定，每生产50公斤芹菜需氮20克、磷7克、钾30克。另外，芹菜对硼的需求较强，缺硼时植株易发心腐病。根据芹菜的生育特点和需肥特性，其施肥技术为：
基肥：在施足有机肥的基础上，亩施硝酸磷钾肥15～20公斤。
追肥：蹲苗后追一次肥，亩追施硝酸磷肥20公斤，以后每隔20天用冲施的方法追硝酸磷肥20公斤，收获前20天停止追肥。