芹菜采收后，若做远距离运输销售，最好是选用真空冷却的方法将芹菜预冷到3℃，运输时最好用机械冷藏车或保温车运输，使用保温车时，可将碎冰加入包装箱中使芹菜的温度接近0℃，这样可保持芹菜运输过程中的温度和湿度。
芹菜在0℃和相对湿度98%~100%的条件下，贮藏期能达到2~3个月。萎蔫是引起芹菜变质的主要原因，所以最好将芹菜贮藏在高湿（98%~100%）的条件下，空气要畅通，保证整个库内各个地方的温度尽可能的一致。
在纸箱内用带孔的聚乙烯塑料薄膜包装芹菜可以减少失水。用收缩膜袖形袋或开口的塑料袋包装芹菜也是一种保湿的好方法，而且不会有二氧化碳累积和缺氧的危险。为了使芹菜的贮藏效果更好，采收时应该带一点芹菜根，而且要在叶柄变空之前收获。在贮藏过程中芹菜还会有一些生长现象，如心叶的叶柄会明显伸长。大部分的芹菜品种在贮藏中叶柄变白。