芹菜营养生长盛期养分吸收量高，此期对氮、磷、钾、镁、钙五要素的吸收量占总吸收量的84%以上。芹菜需氮量最高，钙、钾次之，磷、镁最少。芹菜对硼的需要量也很大，在缺硼的土壤或由于干旱低温抑制吸收时，叶柄易横裂，即“茎折病”，严重影响产量和品质。
中等肥力水平下，芹菜全生育期每亩施肥量为农家肥2500～3000千克(或商品有机肥350～400千克)，氮肥13～16千克、磷肥5～6千克、钾肥6～9千克，氮、钾肥分基肥和三次追肥，施肥比例2∶3∶3∶2，磷肥全部作基肥，化肥和农家肥(或商品有机肥)混合施用。
基肥上，每亩施用农家肥2500～3000千克或商品有机肥350～400千克，尿素4～5千克、磷酸二铵11～13千克、硫酸钾4～5千克。
在缓苗后追肥，心叶生长期亩施尿素6～8千克，硫酸钾3～4千克；旺盛生长前期亩施尿素8～11千克、硫酸钾3～5千克；旺盛生长中期亩施尿素6～8千克，硫酸钾3～4千克。