导致辣椒烂秆的病因很多，菜农一般认为是疫病灰霉病或菌核病导致。专家提醒菜农溃疡病的为害也不容忽视。该病的发生与品种有很大关系，一些长势旺的品种发病尤其严重。该病病菌常从各种伤口侵入。连阴雨天气下，病害发展很快。该病菌一旦侵入植株体内即快速扩展，造成较大损失。防治溃疡病，菜农可采取以下措施有效防控：
避免棚内高湿露水出现
溃疡病在高湿的环境中发病严重，棚室管理中应在保证棚温的基础上尽可能通风降湿。连阴天到来前切勿浇水，并采用膜下浇小水、行间铺草、减少喷药等方式，降低棚内湿度。
注意保护好植株伤口
菜农在疏叶、摘椒及打杈后容易造成伤口。病菌容易从这些部位侵染，菜农要避免在雨天和刚浇过水后棚内湿度大时操作，以保证植株的伤口有足够的愈合时间。每次操作后应注意喷洒百菌清及铜制剂等，预防病菌从伤口处侵入。
药剂防治
当辣椒植株发生溃疡病时，菜农可喷洒氯溴异氰尿酸、噻菌铜、噻唑锌等药剂防治，每隔5天至7天喷洒1次，连续喷洒2次至3次后，可起到良好的防治效果。
除了喷药防治，对于发病较轻的植株，菜农可将药剂调成糊状采用涂抹法进行防治。涂抹前，可用小刀将病患处刮干净，涂抹时不要只涂抹伤口处，最好用毛笔或刷子将伤口周围也一并涂抹上，这样不仅对整个伤口进行了全面防治，对周围的部分也起到了防治效果。