受精不完全。辣椒花粉萌发的适温量20~30℃，高于这一温度时，花粉的发芽率降低，容易产生不正形果。当温度低于13℃时，不能进行正常受精，受精不良，容易出现落花、落果、单性结实和畸形果。
光照不良、肥水不足、果实得到的养分少或不均匀时，也容易出现畸形果。
辣椒果实的膨大先是纵向伸长，然后再横向伸长，当根系发育不好，或者受到伤害时，或者土壤干旱缺水，或者由于土壤溶液浓度过大影响根系对水分的吸收，就会形成短径果；如果再加上夜温过低，就容易形成尖嘴的尖顶果。
当已经膨大发育到一定程度的果实遭遇严重干旱时，果实就会失去光泽，在日晒下的果实会变成颜色很淡的无光泽果，这种情况在温室进入高温季节容易出现。