随着气温下降，棚内通风时间缩短，空气湿度增大，辣椒上的黑皮烂秆问题开始发生。发病部位往往从抹杈和摘椒时留下的伤口处开始，蔓延至整个茎秆，严重的造成死棵。
提前用药
导致辣椒黑皮烂秆的病害很多，主要是细菌性病害，如溃疡病和细菌性髓部坏死病，其次是灰霉病和菌核病。有时候多种病害混合侵染，给防治带来困难。在覆盖保温被前的最后一次浇水时，随水冲施“针细组合”，预防黑皮烂秆效果好，持效期长，尤其对种植大户，省工省时，方便高效。
降低棚内的湿度
除了提前喷药，还要注意降低棚内的湿度。在保证棚温的基础上尽可能通风降湿。连阴天到来前切勿浇水，并采用膜下浇小水、行间铺草等方式，降低棚内湿度。
保护好茎秆
生产中，尽可能避免给茎秆造成伤口。整枝和摘果后，及时对伤口进行处理，可以在晴好天气下使用加瑞农+菌核净等药剂，调成糊状或直接将药剂干粉涂抹在伤口上。