辣椒根腐病由不完全亚门真菌镰刀菌引致，通常病部仅局限于根部和茎基部。早春和初夏阴雨连绵、高温、高湿、昼暖夜凉的天气有利发病。种植地低洼积水，田间郁闭高湿，茎节受蝼蛄为害伤口多，或施用未充分腐熟的土杂肥会加重病情。连作地、低洼地、粘土地发病重。
治疗办法：发病初期喷洒或浇灌50%氯溴异氰尿酸可溶性粉剂1000倍液，或20%二氯异氰尿酸可溶性粉剂300~400倍液，或30%恶霉灵水剂1500倍液，或50％甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液，或50％根腐灵可湿性粉剂800倍液，或50％杀菌王水溶性粉剂1000倍液，或50％多菌灵可湿性粉剂500倍液，或50％地灵可湿性粉剂800倍液，或10％双效灵水剂200～300倍液，每667平方米喷药液50升，隔10天左右1次，连续2～3次。
采果前7天停止用药。