辣椒疫病主要为害叶片、果实和茎，特别是茎基部最易发生。幼苗期发病，多从茎基部开始染病，病部出现水渍状软腐，病斑暗绿色，病部以上倒伏。
防治方法：
1、实行轮作、深翻改土，结合深翻，增施有机肥料、磷钾肥和微肥，适量施用氮肥，改善土壤结构。
2、选用抗病品种、种子严格消毒，培育无菌壮苗；定植前7天和当天，分别细致喷洒两次杀菌保护剂，做到净苗入室，减少病害发生。
3、注意观察，发现少量发病叶果，立即摘除深埋，发现茎干发病，立即用70%代森锰锌200倍药液涂抹病斑，铲除病原。
4、化学防治：定植前要搞好土壤消毒，结合翻耕，喷洒恶霉灵、敌克松、甲霜灵等药剂杀灭土壤中残留病菌。如果已经发病应使用安克、福帅得等药剂进行喷施，也可以配合使用磷酸二氢钾、碧护叶面喷施，提高植株本身抗病能力。