根据辣椒需肥规律和土壤肥力的高低，棚室辣椒施肥要重施基肥巧追肥。
重施基肥每亩施入充分腐熟的有机肥8000公斤左右，再加20～30公斤的尿素、30～40公斤的过磷酸钙、20～30公斤硫酸钾、生物肥50公斤、硅酸钙肥80公斤、2公斤硫酸锌、2公斤硫酸铜和10～20公斤硫酸镁或硝酸镁。
巧追肥一般要进行4～5次。当蹲苗结束，第一穗果长到核桃大小或2厘米长时，进行第一次追肥，亩施尿素15公斤，硫酸钾8公斤。当进入第一穗果（门椒）即将采收，第二层果实（对椒）和第三层果实（四母斗）膨大及第三层果实落花时，达到需肥高峰期，应重施第二次追肥，亩施尿素20公斤，硫酸钾10～12公斤。
叶面喷肥叶面喷肥能增加叶绿素含量和光合作用强度，防止落花落果，一般可增产10%左右，叶面喷肥可在花期喷0.1%～0.2%的硼砂溶液，能提高坐果率。