辣椒茎基腐病在辣椒开花结果期间发病，为害茎基部。辣椒茎基腐病为真菌性病害，阴雨天气多，土壤湿润，通风透光不良，茎部皮层受伤时容易发病，发病后10-15天全株枯死。
防治辣椒茎基腐病，第一要做好排水工作，选择排水良好的地方种植，并挖好排水沟，雨后及时排除积水。第二在幼苗后要注意多施磷钾肥，切忌偏施氮肥，以增强抗病能力。第三在发病初期，要每7-10天叶面喷洒一次800倍立异（1.8%辛菌胺乙酸盐）水溶液，或500倍50%福美双水溶液，或600倍50%代森铵水溶液，或800倍60%多菌灵水溶液，连续喷洒2-3次，均匀喷湿所有枝叶，注意喷洒到茎基部，以开始有水珠往下滴为宜。第四在阴雨时节，用干净纯净的草木灰撒施在辣椒茎基部，对防治茎基腐病有很好的效果。一般每株撒施250-300克左右为宜。