大棚辣椒连作3-5年后由于土壤营养失衡、酸化及病虫害加重等原因，常常出现植株生长发育不良，如幼苗枯萎、烂根，生长点发育不正常及新生枝叶不能伸长，多种病害同时发生等，严重时可导致整个大棚绝收。针对以上问题，应采取以下防治措施。
一是合理轮作。可采取与豆科、葱蒜类、禾本科作物的轮作，或者与水田轮作。
二是增施有机肥。适时适度种植绿肥，增施腐熟有机肥，以增加土壤有机质含量，保持土壤团粒结构和营养的全面供给。
三是调节土壤酸碱度。每亩施入生石灰50公斤。
四是配方施肥。注意氮、磷、钾合理配施，前期以氮肥为主，中后期以磷、钾肥为主。有机肥与无机肥合理配施。
五是及时清除病残体。采收完毕后，彻底清理棚内残枝落叶等，减少病虫害的侵染源。
六是熏棚。作物种植前每100立方米棚室用250克硫黄粉与500克锯末掺匀密闭熏蒸48小时，以杀灭害虫和预防病虫。在夏季作物收获后采用高温闷棚，效果更好。