辣椒的主要病害首先发生在根部，造成根系变黑，影响了养分、水分的吸收。在植株出现吸收受阻的情况下，导致果实不正常提早成熟，并且在植株根系出现病害的情况下，植株的抗病能力迅速下降，叶片、果实感染的其它病害也随之而出现，因此单对植株地上器官喷药效果不明显。
建议用70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600倍液、与10%双效灵水剂250倍液、75%敌克松可湿性粉剂800倍液每隔约7天交替用药灌根；对叶面交替用上述甲基硫菌灵800倍液，与20%噻菌铜或77%氢氧化铜可湿性粉剂500倍液喷雾。
此外，如果有发生枯死株的，宜将基拔除移出园外集中烧毁并对病株穴进行用石灰或其它药物消毒。