秋延后辣椒移栽后常发生根腐病、青枯病和疫病等，造成植株成片枯死，应及早采取措施防控。
主要病症根腐病一般在定植后至采果盛期发生，病株白天萎蔫，早晚可恢复，反复多日后整株枯死。青枯病属细菌性病害，苗期症状不明显，定植后从主根基部开始枯死，根茎表层不变色，纵剖根茎部可见维管束变暗褐色。疫病病株根茎部初呈水渍状，后变黑褐色，很快绕茎一周，同时还危害茎杈的分枝，一般表现为褐色或黑褐色条斑。
防治方法坚持合理轮作，前茬以十字花科、豆科以及葱蒜类作物为宜，避免与茄果类、瓜类作物连作。调节好棚内温湿度，提倡小水浇灌或膜下滴灌，严防土壤积水。适时浅中耕，避免土壤板结。增施以有机肥为主的磷钾肥，促进根叶稳健生长，增强植株抗性。田间一旦发生病株要及时拔除，带到棚外集中烧毁或深埋，并用石灰水或甲基硫菌灵等喷灌病穴。