冬瓜摘后要及时进行储藏，贮藏地点应选择阴凉、通风和干燥的房间。贮藏室要在冬瓜入室前2～3天用高锰酸钾和福尔马林进行熏蒸消毒，并在地面和筐架上铺好一层草垫。入室时摆瓜的方向一般要求和田间生长时的状态一致，即原来是卧地生长的要平放，原来是搭棚直立生长的瓜柄要向上直立放。采用地面堆藏时，因瓜自身重，不宜堆得太高，以减少因相互挤压而损伤。
冬瓜贮藏期间一般不要翻动，但要勤检查，发现有病的瓜立即剔出。冬瓜适宜的贮温为10℃～15℃，相对湿度为80%～85%。冬瓜贮藏前期含水量大，呼吸热多，要加强通风散热和排湿。如室温高至30℃时要开排气扇或空调以换气降温，无通风降温没备的可在阳光强烈的中午关窗遮阳，早晚开窗通风。贮藏室内的空气要经常保持新鲜、干燥和凉爽。采用此法，冬瓜可延长储藏时间。