瓜种可用70℃恒温干热灭菌72小时，或50℃温水浸种20分钟，捞出晾干后催芽播种;还可用次氯酸钙300倍液，浸种30-60分钟，或40%福尔马林150倍液浸1.5小时或100万单位硫酸链霉素500倍液浸种2小时，冲洗干净后催芽播种。无病土育苗，与非瓜类作物实行2年以上轮作，加强田间管理，生长期及收获后清除病叶，及时深埋。湿性粉剂800-1000倍液、14%络氨铜水剂300倍液、77%可杀得可湿性粉剂500倍液。霜霉病、细菌性角斑病混发时可喷洒60%琥·乙膦铝或70%乙·锰可湿性粉剂500倍液、72%霜脲锰锌可湿性粉剂800倍液，对兼治两病有效，每667平方米喷对好的药液60-70升，采收前5天停止用药。可施用VA菌根Glomusmacrocarpum可减轻冬瓜细菌性角斑病的发生。
