黄瓜育苗种子消毒以热处理效果最好，温度控制得当，可以杀灭绝大多数种子表皮或胚内部携带的病原真菌和细菌，而不伤害种子。
热水高温消毒方法：将黄瓜种子或嫁接砧木种子松散地装入绵纱布口袋，37℃水浴中预热10分钟。种子装入量要小于纱布口袋容量的50%。预热过程中不断轻轻摇晃纱布口袋，以排除种子表面空气，打破包围种子表面的气膜，确保每粒种子浸湿均匀彻底。经过预热的种子放入另一个水浴容器中，黄瓜种子50℃，砧木种子55℃，保持20分钟，进行高温消毒。
高温消毒时间一到，立即将装有种子的纱布口袋放入冷水中或用冷水冲淋降温。种子降温后，根据需要进行杀菌剂或杀虫剂处理，然后再进行浸种和催芽。