秋棚番茄的病毒病、芽枯病发病率较高，因此应有针对性地采取防治措施：
病毒病高温、干旱是发病的首要条件。病毒病适宜的发病温度在38℃～43℃之间，低于35℃或高于45℃都不利于病害发生。在日常栽培管理中，人为地调控温度，可趋利避害，具体措施如下：
及时浇水从幼苗定植到坐果中期，应保持棚内地表湿润，地表含水量应不小于75％～80％，棚内空气湿度不小于70％。
温度控制采取早晚开风、夜间开风（夜间无雨的条件下）、中午避风的管理方法，特别是中午光照强度大时，更应提早避风。主要目的是保证棚内空气有较高的含水量，并减少水分蒸发，保证植物嫩叶及生长点不因水分蒸腾作用而萎蔫；防止风口两侧的植株叶片因强光直射而晒死焦枯，主要做法是：（1）利用手压喷雾器或机动喷雾器及时进行叶面喷雾补水；（2）利用遮阳网进行物理防治，一般每天上午10点拉好防晒网，下午5点以后揭开见光，能有效控制病毒病的发生。
化学防治发病初期及时用1.5％植病灵可湿性粉剂600～800倍，或20％病毒A800～1000倍，或60％病毒王可湿性粉剂800～1000倍喷雾防治，特别是60％病毒王可湿性粉剂对控制病害的发生并钝化病毒效果明显而无公害。
芽枯病是一种生理病害，受气候影响较大，其中高温、干旱是发病的主要因素。症状表现为：生长点生长明显受到抑制，呈球状，第一花序下叶片横向快速生长，枝叶肥大。
防治方法：（1）采用遮阳网避强光。方法同病毒病物理防治法；（2）调控法：用920生长调节剂一克加水35千克，对植株顶部快速均匀喷雾，治愈率95％以上。
