1、农业防治，合理轮作倒茬，避免十字花科蔬菜连作。施足充分腐熟的有机肥，合理施用氮、磷、钾肥，及时追肥；雨后及时排水。发现病株后及时拔除，病穴撒石灰消毒。收获后及时清除田间病残体，精细翻耕整地，暴晒土壤，促进病残体分解。
2、化学防治，发病初期，可采用下列杀菌剂进行防治：72％农用硫酸链霉素可溶性粉剂2000—4000倍液；88％水合霉素可溶性粉剂1500—2000倍液；3％中生菌素可湿性粉剂500—800倍液；20％噻唑锌悬浮剂600—800倍液；对水喷雾，视病情间隔5—7天l次。萝卜软腐病发病后期防治的效果较差，一般以发病前预防为主。