基肥秋菠菜每亩施有机肥4000~5000公斤，过磷酸钙25~30公斤，深翻地20~25厘米，宜平畦（北方宜平畦，南方宜高畦）。越冬菠菜选择土层深厚、土质肥沃、腐殖质含量高、保肥蓄水性能好的土壤，还应比其他季节多施有机肥，每亩可撒施腐熟有机肥5000公斤，过磷酸钙25~30公斤，深翻地20~25厘米，使土肥充分混匀，疏松土壤，促进幼苗出土和根系发育。
追肥秋菠菜幼苗出土后，长到4~5片真叶时，应分期追施2~3次速效性氮肥。每亩顺水追施硫酸铵20~25公斤或尿素10~12公斤，促进叶片加厚生长，增加产量，提高品质。越冬菠菜因生育期较长故应分阶段施肥，可分冬前、越冬和早春3个阶段进行。冬前生长期约50~60天，结合灌水追1次肥，每亩顺水施硫酸铵10~15公斤。浇“冻水”时再施入稀粪水1000~1500公斤。越冬停止生长期不需追肥。早春生长期30~40天，当菠菜叶片发绿，心叶开始生长，可浇1次小水。菠菜进入旺盛生长期后，应及时追肥，结合浇水每亩施硫酸铵10~15公斤。此期供给充足的肥水，能延迟抽薹，提高产量，改善品质。